Urdaneta fue uno de los últimos en marcharse. Se quedó para intentar conseguir un cargamento de clavo. Llegó a Lisboa en junio de 1536, llevando con él a una hija que tuvo con una mujer de las Molucas. Había estado fuera ocho años: tenía diecisiete años cuando salió de España, veinticinco cuando regresó, rico en experiencia y conocimientos. Había visto mundo, luchado en guerras, aprendido las lenguas locales, negociado con los jefes tribales y los gobernadores portugueses en nombre de sus comandantes y viajado por todo el archipiélago y más allá, hasta las islas de Banda y Java, ricas en nuez moscada. Por el camino, había obtenido información inestimable: cultural, comercial y meteorológica. Había hecho interminables viajes en canoa por las Molucas y experimentado la belleza de los trópicos profundos.