Tomar refugio se desarrolla en dos líneas temporales y geográficas: en el Afganistán de 1939, la escritora Annemarie Schwarzenbach vive un idilio con una paleontóloga mientras en Europa estalla la Segunda Guerra Mundial; en el Berlín de 2016, un joven alemán colabora en la creación de un campo de refugiados y se enamora de una mujer siria casada, amor que es correspondido, aunque las diferencias culturales parecen separarlos.
Dos historias de amor atípicas que resuenan entre sí a pesar de la distancia: tiempos atribulados, seres humanos que al tratar de vencer aquello que los diferencia se enfrentan a la oposición de la sociedad.